Soja ist zwar ein wichtiger Eiweisslieferant für Mensch und Tier und eine entscheidende Einkommens- und Devisenquelle für die Anbauländer, doch die Hülsenfrucht bringt auch negative Entwicklungen mit sich. Die durch intensiven Anbau und Ausdehnung der landwirtschaftlichen Nutzflächen entstehenden Umweltprobleme reichen von Wasserverschmutzung bis hin zu Bodenerosion und abnehmender Artenvielfalt. Durch die veränderte Landnutzung, die Produktion und den Einsatz von Dünger für den Sojaanbau entstehen hohe Treibhausgasemissionen. Auch führt die Ausdehnung des Sojaanbaus zu gesellschaftlichen Konflikten und Spannungen zwischen den Erzeugern und den jeweiligen Gemeinden aufgrund von Land- und Arbeitnehmerrechten, Landflucht usw.

Dank dem Soja Moratorium ist die Abholzung des Amazonas rückläufig. Grosshändler verzichten auf Soja, welches von Flächen im brasilianischen Amazonasgebiet stammt, die nach Juli 2006 abgeholzt wurden. Doch das Abkommen steht aktuell unter Druck: Anfang 2026 haben führende Branchenverbände wie die Abiove unter politischem Einfluss aus dem Moratorium die Kündigung erklärt, was die bisherigen Schutzbemühungen für das Amazonas-Biom massiv gefährdet.