Bien que le soja soit une source importante de protéines pour les humains et les animaux et une source cruciale de revenus et de devises pour les pays où il est cultivé, cette légumineuse s'accompagne également d'évolutions négatives. Les problèmes environnementaux causés par la culture intensive et l'expansion des terres agricoles vont de la pollution de l'eau à l'érosion des sols et au déclin de la biodiversité. Les changements dans l'utilisation des terres ainsi que la production et l'utilisation d'engrais pour la culture du soja entraînent d'importantes émissions de gaz à effet de serre. L'expansion de la culture du soja entraîne également des conflits sociaux et des tensions entre les producteurs et les communautés respectives en raison des droits fonciers et des droits du travail, de l'exode rural, etc.

Grâce au moratoire sur le soja, la déforestation en Amazonie est en recul. Les grossistes évitent désormais le soja provenant des zones de l'Amazonie brésilienne qui ont été déboisées après juillet 2006. Toutefois, la pression exercée sur le Cerrado brésilien (zone de savane humide), dont la biodiversité est exceptionnellement élevée, reste forte. Depuis la fin des années 1950, près de la moitié du Cerrado a été convertie en terres agricoles.